L'area totale occupata dalla costruzione dei magazzini Traianei si aggira intorno ai 75.000 metri quadrati, la fronte verso il mare è lunga 260 metri, quella che costeggia il canale d'imbocco 300 metri. La costruzione si articolava almeno su due piani. I vani di stoccaggio sono modulari e coperti a botte, nel piano terra. Tra l'età di Adriano e quella di Antonino Pio si rese necessario un rialzamento della pavimentazione con il metodo delle suspensurae (ponendo sotto pilastri e muretti di mattoni), dovuto ad un successivo innalzamento delle falde. Dato lo stato dei magazzini, ridotto alla sola ossatura portante, è difficile dedurne la funzione se si pensa che non venivano utilizzati stipare solo generi alimentari. Si può invece supporre che nell'organizzazione del porto fossero state previste delle zone di differenziazione delle merci per zone, andando ad individuare parametri quali: la deperibilità, i tempi di deposito, il sistema di trasporto e la provenienza.
Particolarità che caratterizzano la costruzione riguardano l'articolazione in blocchi, distinti da passaggi e rampe per il trasporto dai carichi ai piani superiori, da cortili e corridoi di distribuzione e in misura maggiore dalla sua sagomatura attorno all'invaso della Darsena. Al pianterreno vi era un portico che sottolineava tutto il perimetro dei magazzini, retto da pilastri e colonna bugnate di travertino, la sua funzione era di collegamento tra i vani interni e le banchine di attracco.